Die Munich Cowboys, „the Grand Old Team of the South“, wurden im Jahre 1979 gegründet. Der Verein war gleichzeitig Gründungsmitglied der im selben Jahr ins Leben gerufenen Football Bundesliga GFL. So sind die Munich Cowboys eines der ältesten noch existierenden Football-Teams in Deutschland. Der erste Präsident war der Werner Forster.
Ihren bisher größten Erfolg erreichten die Munich Cowboys im Jahr 1993 mit dem Gewinn der Deutschen Meisterschaft. Gegen die Cologne Crocodiles feierten die Cowboys im Münchner Olympia-Reitstadion vor rund 9.500 Zuschauern einen Sieg von 42:36.
Nach der Saison 2002 stiegen die Cowboys durch Niederlagen gegen die Marburg Mercenaries in der Relegation aus der GFL ab und kämpften zeitgleich mit einem laufenden Insolvenzverfahren. Eine Vereinsauflösung wurde knapp abgewendet und auf einen Start in der 2. Bundesliga verzichtet. Stattdessen wurde 2003 der Spielbetrieb in der Regionalliga-Süd aufgenommen. Aus dieser erfolgte auch gleich der direkte Aufstieg in die 2. Bundesliga. Bereits im Jahr 2004 gelang der Wiederaufstieg in die GFL Süd.
Im Laufe der Jahre etablierten sich neben dem GFL-Team auch die Abteilungen der Damen, Jugend, Flagfootball und Cheerleadern.